C’est l’organe exécutif de l’AFROSAI. Il est chargé du suivi de la mise en œuvre des résolutions de l’Assemblée Générale. Il est composé de (12) membres. Les décisions y sont prises à la majorité simple des membres présents et participants.

Actuellement la Présidence du Comité Directeur de l’AFROSAI est assurée par M. MAMADOU FAYE, Chef de l’ISC du Sénégal. L’ISC de Lybie assure les fonctions de 1er Vice-Président et celle de Namibie les fonctions de 2ème Vice-Président.