C’est l’organe exécutif de l’AFROSAI. Il est chargé du suivi de la mise en œuvre des résolutions de l’Assemblée Générale. Il est composé de (07) membres. Les décisions y sont prises à la majorité simple des membres présents et participants. Actuellement le Comité Directeur de l’AFROSAI est présidé par M. Junias KANDJEKE, Chef de l’ISC de Namibie.