الجمعية العمومية هي الهيئة العليا لأفروساي. وهي مسؤولة عن التوجيه الاستراتيجي وتجمع بين ممثلي المؤسسات الأعضاء. تجتمع الجمعية العمومية كل ثلاث سنوات في دورة عادية أو في دورة استثنائية. ويترأس الدورات العادية للجمعية العمومية ممثل ديوان الرقابة المالية في البلد المضيف ، بينما يرأس الدورات غير العادية رئيس اللجنة التوجيهية.