L’Assemblée Générale est l’organe suprême de l’AFROSAI. Elle est chargée de l’orientation stratégique et regroupe les représentants des Institutions membres. L’Assemblée Générale se réunit tous les trois ans en session ordinaire, ou en session extraordinaire. Les sessions ordinaires de l’Assemblée Générale sont présidées par le représentant de l’Institution Supérieure de Contrôle des Finances Publiques du pays hôte et les sessions extraordinaires par le Président du Comité Directeur.