A Diretoria Executiva é o órgão administrativo e operacional da Organização. Gozando de autonomia funcional e financeira, presta assessoria e apoio estratégico e operacional a outros órgãos da AFROSAI. Seu trabalho é supervisionado pelo Secretário-Geral.
As atribuições desta Direcção foram agrupadas e classificadas por funções e subfunções, nomeadamente:
A Direção Executiva é colocada sob a autoridade do Diretor Executivo.