A Assembleia Geral é o órgão supremo da AFROSAI. É responsável pela orientação estratégica e reúne representantes das instituições associadas. A Assembleia Geral reúne-se a cada três anos em sessão ordinária ou em sessão extraordinária. As sessões ordinárias da Assembleia Geral são presididas pelo representante da Instituição Suprema de Auditoria do país anfitrião e as sessões extraordinárias pelo Presidente do Comité Diretor.